5.8 数据重抽样 EMP_rrarefy
在进行二代高通量测序时,不同样本的测序深度存在差异。特别是在进行微生物组学数据分析时,通常会以数据内样本的最小测序深度为标准,对全部样本的数据进行有放回的重抽样,以确保全部样本的测序深度在一个水平上。
5.8.1 显示当前组学测序深度
🏷️示例:
MAE |>
EMP_rrarefy(experiment = 'taxonomy',only_show_depth=T)
5.8.2 按照当前数据内样本的最小测序深度重抽样
注意:
由于全部样本均达到最小测序深度阈值,因此模块EMP_rrarefy不会过滤任何样本。
由于全部样本均达到最小测序深度阈值,因此模块EMP_rrarefy不会过滤任何样本。
🏷️示例:
MAE |>
EMP_rrarefy(experiment = 'taxonomy')
5.8.3 按照指定测序深度重抽样
注意:
用户可以通过指定参数raresize来自定义测序深度阈值,任何低于该测序深度阈值的样本均会被过滤。同时,部分特征在重抽样后,在所有样本中均不存在(即数据为0),这些特征也会被过滤。
用户可以通过指定参数raresize来自定义测序深度阈值,任何低于该测序深度阈值的样本均会被过滤。同时,部分特征在重抽样后,在所有样本中均不存在(即数据为0),这些特征也会被过滤。
MAE |>
EMP_rrarefy(experiment = 'taxonomy',raresize=9990)